Израильские ученые создали базу генетических данных помидоров
03.05.2021 13:29Беспрецедентная по своим масштабам база данных поможет исследователям и селекционерам разгадать тайны любимого во всем мире овоща.
Дикие помидоры, произрастающие в Южной Америке, древние родственники современных сортов, несут в себе гены многих желательных свойств - вкуса, аромата, устойчивости к болезням, - которые в некоторых случаях были утрачены в процессе одомашнивания и селекции.
В настоящее время селекционеры изучают возможность повторного внедрения этих утраченных "диких" черт в генотип окультуренных томатов. Им поможет в этой работе огромная база данных, охватывающая генетические и метаболические признаки как диких, так и культурных помидоров, созданной под руководством профессора Асафа Аарони из Научного института им. Вейцмана в сотрудничестве с учеными из Еврейского университета в Иерусалиме и других академических стуктур.
Исследователи использовали почти 600 линий гибридов томатов, названных BIL («обратное скрещивание инбредных линий»), созданных группой профессора Дани Замира из Еврейского университета, для составления базы данных, которую они назвали (разумеется) KILBIL. Каждая линия - помесь диких перуанских томатов Solanum pennellii и обычного культурного сорта Solanum lycopersicum - содержит разные части дикого и культивируемого генома, поэтому, сравнивая геномы разных гибридов и соотнося эти различия с разными качествами помидоров, можно установить, какие именно гены отвечают за конкретные "черты характера". Таким образом, ученые создали исчерпывающий профиль каждой линии, который включает около 11000 генов, списки до 1000 активных ингредиентов, называемых метаболитами, на разных стадиях созревания, а также информацию о чувствительности к грибковым патогенам. Затем исследователи применили вычислительные инструменты, чтобы сопоставить различные части генома томата или даже отдельные гены с вариациями метаболизма растений и другими особенностями.
База данных KILBIL поможет исследователям и селекционерам производить улучшенные сорта томатов. Сами же исследователи Института Вейцмана уже применяют свою базу данных, чтобы разгадать несколько старых загадок так знакомого всем нам овоща. Например, все мы знаем, что зеленые помидоры горькие - в основном потому, что они содержат значительное количество альфа-томатина, токсичного вещества, которое защищает помидоры от бактерий, грибков и травоядных животных до того, как они созреют. По мере созревания томатов альфа-томатин превращается в метаболиты, лишенные горечи, и до сих пор было неясно, как этот процесс координируется со созреванием плода, а также почему токсичный альфа-томатин не вредит самому растению.
Доктор Яна Казачкова, научный сотрудник лаборатории проф. Аарони, ответила на эти вопросы с помощью необычного вида диких томатов, плоды которого остаются горькими даже после созревания. (Помидоры ботанически классифицируются как фрукты, хотя диетологи обычно включают их в число овощей.) Исследователи, обнаружившие эти помидоры в Андах в 1990-х годах, предположили, что они остаются горькими из-за одной или нескольких мутаций в ферментах биосинтеза альфа-томатина.
Казачкова вместе с коллегами сравнила генетический состав горьких помидоров с обычными и свела разницу к одной мутации в гене, который кодирует совсем не фермент, преобразующий горький вкус в сладкий, а белок-переносчик, который переносит вещества внутри клетки. Исследователи назвали его GORKY - «горький». Затем Казачковой нужно было доказать, что мутировавший ген GORKY действительно отвечает за горький вкус этого своеобразного дикого вида томатов. В серии экспериментов она использовала технологию CRISPR, чтобы подавить этот ген в некоторых растениях и вызвать его чрезмерную экспрессию в других, и проанализировала метаболизм мутантных растений с помощью специального масс-спектрометрического оборудования в лаборатории проф. Аарони.
Доктор Казачкова была рада, когда помидоры, у которых был подавлен ген GORKY, действительно оказались... горькими. По ее словам, «это были самые вкусные горькие помидоры, которые я пробовала в своей жизни.»
Оказалось, что когда зеленые помидоры производят альфа-томатин в больших количествах, в основном в кожуре, они удерживают это токсичное вещество в закрытых отсеках, известных как вакуоли, что не позволяет яду повредить само растение. Когда томат созревает, белок GORKY уносит альфа-томатин за пределы вакуолей, позволяя ему путем пяти биохимических реакций превращаться в нетоксичные метаболиты, тем самым делая томат приятным на вкус.
Результаты исследования могут быть использованы для улучшения селекции томатов, и они также открывают подобные направления исследований и других растений в поисках подобных механизмов белков-переносчиков.
Авторы исследования: доктор Саянтан Панда, доктор Шмуэль Буковза, доктор Андрей Вайнер, доктор Илана Рогачев, доктор Юнхуэй Донг, доктор Шифра Бен-Дор и доктор Саймон Михаэли с отделения наук о растениях и окружающей среде Института Вейцмана; Д-р Итай Цемах и профессор Дани Замир из Еврейского университета в Иерусалиме; д-р Доротия Верес, д-р Криста Канструп, д-р Софи Констанц Ламбертц, д-р Кристоф Кроколл и д-р Хусам Хассан Нур-Элдин из Копенгагенского университета; и доктор Янцзе Ху и профессор Элон Шани из Тель-Авивского университета.
Источник: MFA
Фотоиллюстрация: Pixabay
Читайте также:
Израильские ученые пометили супербактерии, чтобы их смогла распознать и уничтожить иммунная система
Новый метод универсален для привлечения...Израильские ученые: известное лекарство от холестерина помогает и от COVID-19
Исследование, возглавляемое Еврейским университетом в Иерусалиме,...Исследователи Еврейского университета в Иерусалиме разрабатывают новые методы борьбы с ожирением
Группа исследователей Института исследований лекарственных...Теория Дарвина в действии: морская актиния и ученые Еврейского университета
Исследования показали, что морские анемоны меняют состав своего яда несколько раз в жизни в соответствии...Израильские ученые использовали ГМО для поиска мин
Израильские биологи из Еврейского университета в Иерусалиме нашли новое применение для ГМО.Лента новостей:
Опубликован список 33 заложников, которых освободят на первом этапе сделки
Опубликован список из 33 заложников, которые должны быть освобождены в рамках первого этапа соглашения...Урегулированы разногласия с ХАМАС по праву вето Израиля на освобождение террористов
Израильские СМИ цитируют источники, знакомые с ходом переговоров...«Ционут Датит» требует расторгнуть договор с ХАМАСом после первого этапа
Бецалель Смотрич потребовал от Биньямина Нетаниягу обещать ему, что война будет продолжена до окончательной победы....Левин потребовал начать дисциплинарное разбирательство против и.о. главы БАГАЦа
"создается впечатление о систематическом и преднамеренном поведении...Смотрич готов выйти из правительства прямо перед заключением сделки
"Вероятнее всего, мы уйдем из правительства"Трамп: Будем работать, чтоб никогда больше Газа не была убежищем для террористов
Он заявил, что США продолжат продвигать "мир через силу" во всем...Эрдоган требует, чтобы Израиль ушел из Сирии и грозит последствиями
"Агрессивные действия сил, атакующих сирийскую территорию, в частности Израиля, должны быть прекращены как...Илон Маск купит TikTok?
В США пошли разговоры о возможности продажи американского подразделения TikTok Маску.Байден ограничил поставки графических процессоров в Израиль
Уходящий президент США Джо Байден нанес серьезный удар по ИзраилюADL: 46% взрослого населения планеты – антисемиты
То есть около 2,2 млрд населения планеты.Израильский туризм: теперь на подъем или дальше в пропасть?
Во время войны самый сильный экономический удар пришелся именно по туристической отрасли и в первую очередь – по...Шпионский стартап, в который вложился Эхуд Барак, продан почти за миллиард
Значительная часть сделки будет оплачена наличными.Edwards Lifescience покупает израильский медицинский стартап за 300 млн долл
Стартап разработал более безопасную микроинвазивную технологию лечения заболеваний митрального...Google обсуждает покупку израильского стартапа за 23 млрд долл
Google ведет переговоры о приобретении израильского стартапа в сфере кибербезопасности Wiz.IAI сообщила о сделке с иностранным клиентом на 1 млрд долл
Данная сделка - одна из крупнейших в истории концерна, хотя и не самая крупная.Запись на программы Минпроса для одаренных и эрудированных школьников подходит к концу. Подчеркнем, что записаться на программы можно даже если в прошлом ученик не сдавал специальные экзамены, но вы считаете, что ваш ребенок эрудирован и способен справиться с дополнительной нагрузкой.
Марк Цукерберг: Facebook прекращает факт-чекинг и ослабляет цензуру
Глава компании Meta Марк Цукерберг объявил, что социальная сеть Facebook больше не будет заниматься проверкой...Израильские ученые показали, как бактерии обходят систему защиты при обмене ДНК
Открытие поможет бороться с устойчивостью бактерий к антибиотикам.Муравьи решают сложную задачу по транспортировке лучше, чем люди. Израильское исследование
Израильские ученые сравнили способности людей и муравьев к координации действий при решении...В дома израильтян запустили энергию от волн
Это первый в мире случай, когда энергия волн используется в масштабах государства.Израиль запустил первый квантовый компьютер
Компьютер был разработан специалистами израильской компании IAI.С началом зимы далеко не все радуются установлению желанной прохлады. Есть среди нас и те, кто встречает зиму с тревогой, опасаясь обострения хронического недуга. Эти люди – астматики. Про астму чего только не говорят, порой диаметрально противоположное. Для того чтобы выяснить всю правду, мы обратились к доктору Эмилии Хардак, заведующей отделением пульмонологии в больнице «Бней-Цион», консультанту по пульмонологии в Северном округе больничной кассы «Маккаби».
В бою на юге Ливана погиб военнослужащий ЦАХАЛа
На юге Ливана погиб старший сержант резерва Омер Моше Гаэльдор.В бою на севере сектора Газы погибли четверо израильских солдат
В бою на севере сектора Газы погибли четверо израильских военнослужащих.В больнице умер майор Гай Яаков Незри, получивший ранения в Газе
В больнице от ран, полученных 19 октября в бою на севере сектора Газы, умер майор Гай Яаков Незри.Помощь инвалидам ЦАХАЛа с черепно-мозговыми травмами
В этом центре раненые солдаты находят не только профессиональную поддержку и интересные занятия, но и дружеское общениеВ Израиле удвоилось число жертв вируса Западного Нила
Вирус Западного Нила диагностировали уже у 440 израильтян. Зафиксировано 32 летальных исхода.Налоговое управление подтвердило повышение налогов на автомобили в 2025 году
С 2025 года в Израиле увеличатся налоги на покупку всех типов автомобилей....Кнессет принял решения об увеличении налоговой нагрузки на граждан
Некоторые депутаты выразили недовольство тем, что меры негативно скажутся...Утверждены законы об отмене выплаты пособий террористам и родителям несовершеннолетних террористов
Похожий закон уже утверждался в 2021 году, однако...JPMorgan снизил прогноз израильской экономики
Американский инвестиционный банк JPMorgan опубликовал пересмотренный прогноз для израильской экономики.Агентство Fitch понизило кредитный рейтинг Израиля
Fitch Ratings объявило этой ночью о понижении кредитного рейтинга Израиля.Актёр Стивен Фрай стал рыцарем
По словам Фрая, он был «совершенно ошарашен», узнав о своем новом статусе.Израиль и еврейская диаспора отмечают праздник Суккот
Неделя пребывания в шалашах посвящена памяти об исходе из Египта.Мы снова будем танцевать
Документировать и творчески переосмысливать события 7 октября 2023 года израильские деятели искусств начали...Делай добро и дари его близким
В центре реабилитации для солдат ЦАХАЛа пройдёт ярмарка изделий ручной работы в преддверии Рош а-Шана...Умер продюсер «Титаника» и «Аватара» Джон Ландау
В возрасте 63 лет скончался продюсер Джон Ландау, лауреат премии «Оскар» за фильм «Титаник»,...Дальше — будет дальше
"Мы завоевали, мы проиграли, мы отдали, мы договорились ." Лично я не принимал участия в заседаниях узкого кабинета....Коротко о сделке, самым общим планом
"Израиль - унижен. А побежден, по итогам последствий резни...Можно ли победить Газу
Нетаниягу заплатил слишком дорого за освобождение заложников? Эта цена...Если не мы нам, то кто нам?
На мой взгляд, Трамп в первой каденции оценивал политическую важность Израиля...Герои, которых мы выбираем
Этому человеку довелось жить в стране, которая по международным...Организация "Маса", основанная ЕА "Сохнут" и правительством Израиля, уже 21 год содействует участию молодежи из разных стран в долгосрочных образовательных и социальных проектах в Израиле. С началом войны и в связи с тысячами обращений евреев из различных общин было решено создать специальную программу "Маса-волонтеры", цель которой – помочь Израилю и израильскому обществу в трудное время. С момента запуска программы в Израиль прибыли тысячи участников, которые принимают участие в самых разных видах волонтерской деятельности: помощь семьям эвакуированных, работа в логистических центрах, помощь в сельском хозяйстве и многое другое.